كانت المدرسة المعمدانية في عجلون عاملةً ومتاحة فقط للفتيات للصفوف العليا مما أظهر أهمية فتح فرع جديد للمدرسة تكون خاصةً للأولاد. وهذا ما حدث بالفعل، حيث انطلقت مدرسة الأولاد في العام 1968 تحت ادارة كنيسة عجلون المعمدانية. فصار الطابق السفلي من الكنيسة مقّراَ لمدرسة الأولاد بدءاً من الصف الخامس. وفي هذا الطابق كان يعقد الاجتماع الصباحي لكافة الصفوف ومن ثم ينتقل قسم من الطلبة مشياً على الأقدام لغرف صفية في منزل مجاور للكنيسة ومستأجر من السيد توما عويس. ويبقى القسم الآخر في طابق التسوية حيث كان يحتوي على عدد من الغرف صفية.